L'àcid metilfosfònic és un dels compostos enllaçats C-P estructuralment més simples. És un precursor de molècules de fosfonats més complexes, com el glifosat.
L'àcid metilfosfònic s'utilitza per fer diclorur d'àcid metilfosfònic per cloració.
Es creu que l'àcid metilfosfònic és important als rius i a l'oceà obert. Per obtenir més informació sobre l'àcid metilfosfònic, es va crear un nou mètode per mesurar-lo. El mètode utilitza un estàndard intern marcat isotòpicament i una preparació de mostres, inclosa l'extracció en fase sòlida (SPE).
Es va utilitzar GC-MS per detectar la presència d'àcid metilfosfònic després de convertir-lo a una forma diferent mitjançant MTBSTFA. L'estudi compara diferents compostos etiquetats i materials SPE. Per recuperar més de mostres d'aigua amb molta sal, hem fet servir l'electrodiàlisi per eliminar la sal. Finalment, es van analitzar mostres d'aigua de diferents sistemes aquàtics de la zona costanera alemanya del mar Bàltic per aprendre més sobre l'àcid metilfosfònic en aquests sistemes. L'àcid metilfosfònic es va trobar en mostres a nivells baixos.
El cianobacteri marí Prochlorococcus és un productor primari comú i viu en ecosistemes marins tropicals i subtropicals, on els nutrients són escassos. Aquest estudi mostra que Prochlorococcus MIT9301, que es troba a l'oceà Atlàntic Nord esgotat en fosfats, pot utilitzar metilfosfonat i hidroximetilfosfonat per obtenir fòsfor. Aquests fosfonats s'oxiden per alliberar un grup metil, que després s'excreta i s'utilitza per fer purines en ARN i ADN. Els gens per a la via oxidativa prevista dels fosfonats de MIT9301 es van trobar principalment en genomes de Prochlorococcus de parts de l'oceà Atlàntic Nord on el fosfat és escàs. Això suggereix que algunes poblacions de Prochlorococcus s'adapten a un baix fosfat oxidant els fosfonats. Abans es pensava que l'àcid metilfosfònic només es degradava per la via bacteriana de la CP liasa, que allibera metà.
S'ha trobat una nova via per fer formiat a partir de l'àcid metilfosfònic al bacteri marí Gimesia maris. Aquesta via també es pot trobar a Prochlorococcus, un tipus de bacteris que es troben a l'oceà. Això demostra que el formiat es pot fer de diferents maneres en el medi ambient i que pot ser utilitzat per altres organismes. A l'oceà, on l'àcid metilfosfònic és un component principal de la matèria orgànica dissolta, l'oxidació de l'àcid metilfosfònic a format per Prochlorococcus pot limitar la producció de metà.